明朝建文四年(西元1402年),明成祖朱棣以“清君侧”为名,率兵攻破南京金川门,占领京师(今南京),结束历时三年的靖难之役。攻克南京时,朱文圭之父朱允炆、兄朱文奎不知所终,母马皇后自焚而死。朱文圭当时只有两岁,后被成祖长期幽禁于中都(凤阳)